裁量労働制は、みなし労働時間なので、離席は申請しなくて問題ないか。

離席申請してください。労働安全衛生法上、会社は社員の労働時間を正しく把握する義務があります。

TeamSpiritで離席時に「退勤ボタン」、戻ったら「出勤ボタン」を押すか、後から「勤怠時刻修正申請」で「休憩時間修正」をしてください。