海外出張において、日当が1日あたり12,000円支給となっているが、会社経費で打合せ飲食代を別途精算する場合でも日当を申請してよいか？

はい、日当は支給対象です。

なお、打合せ飲食費については、得意先との飲食であっても、現地社員を含む社員間同士の飲食であっても、その飲食が「業務目的」と所属長が判断した場合にのみ精算可能です（単に「私的な飲食」の経費精算は認めません）。飲食代の実費精算については、事前に所属長に可否の確認を行ってください（所属長は当該飲食が「業務目的」なのか「業務外」なのかを適切に判断の上、指示のこと）。