所属はHQ（日本）だが、給与は海外支社から出ている為、税金も海外に払っている。日本で年末調整は必要か？

海外赴任の期間が1年に満たない場合は、居住者に含まれるので年末調整を行います。
当年中に出国された場合は出国時に年末調整を行います。
期間が1年以上の場合は「非居住者」に該当します。
すでに出国されている場合は、「非居住者」に該当し、年末調整は必要ありません。