年末調整後、給与明細を確認すると「年末調整過不足」で給与が控除されている。 どうしてか。

毎月の給与と各賞与から控除されている所得税は、実際には仮の税額となっています。
年末調整で1年間の所得を確定し、納税額を再計算し、税額を確定します。確定した税額と仮の税額との差額分が還付/控除されます。したがって、必ずしも年末調整後に還付されるとは限りません。