「通勤費Web」申請で複数の経路を1回の申請で行う事はできるか？

可能です。
ひとつ目の経路を選んだ後に「申請」をせずに、「経路追加」（申請画面左上の方のボタン）を押すと、次の経路が入力できます。同様の操作の繰り返しで、経路２、経路３・・・と複数の経路追加して、1回の申請で入力できます。

通勤費Webのリンクはこちら