定期代申請で自分が希望した経路とは違う経路で会社に認定されてしまった。認定経路で通わなければいけないのか。

申請した経路が合理的な経路であれば労災の対象にはなりますが、会社としての定期代支給は認定経路のみの支給となります。
好きな経路で通勤していただいてもかまいませんが、認定結果と相違があった場合は、差額は自己負担となります。